Pengelolaan ZISKA berprinsip:

1. Syariat Islam, artinya dalam menjalankan tugas dan fungsinya, harus berpedoman sesuai syariat Islam, mulai dari tata cara perekrutan pegawai hingga tata cara pendistribbusian ZISKA;
2. Amanah dan integritas, artinya harus menjadi lembaga yang dapat dipercaya, dengan memegang teguh kode etik dan prinsip-prinsip moral;
3. Kemanfaatan, artinya memberikan manfaat yang besar bagi mustahik;
4. Keadilan, artinya mampu bertindak adil, yakni sikap memperlakukan secara setara di dalam memenuhi hak-hak yang timbul berdasarkan perjanjian serta peraturan perundangan yang berlaku;
5. Kepastian hukum, artinya muzaki dan mustahik harus memiliki jaminan dan kepastian hukum dalam proses pengelolaan dana ZISKA;
6. Terintegrasi, artinya harus dilakukan secara heirarkis sehingga mampu meningkatkan kinerja pengumpulan, pendistribusian dan pendayagunaan dana ZISKA;
7. Akuntabilitas, artinya pengelolaan dana ZISKA harus bisa dipertanggungjawabkan kepada masyarakat dan mudah diakses oleh masyarakat dan pihak lain yang berkepentingan;
8. Profesional, artinya perilaku yang selalu mengedepankan sikap dan Tindakan yang dilandasi oleh tingkat kompetensi, kredibilitas dan komitmen yang tinggi;
9. Transparansi, artinya tindakan menyampaikan informasi secara transparan, konsisten, dan kredibel untuk memberikan layanan yang lebih baik dan lebih cepat kepada pemangku kepentingan;
10. Sinergi, artinya sikap membangun dan memastikan hubungan kerja sama internal yang produktif serta kemitraan yang harmonis dengan para pemangku kepentingan dana ZISKA untuk menghasilkan karya yang bermanfaat dan berkualitas.
11. Berkemajuan, artinya melakukan sesuatu secara baik dan benar yang berorientasi ke depan.